Mots clés

NGS, RNA-seq, High Performance Computing, Bases de données, E-infrastructure, Workflow, Formations.

Expertise

EMBRC-France met à disposition des utilisateurs un environnement pour l’analyse de données in silico avec une plateforme de bioinformatique. Cet environnement repose sur une plateforme nationale (ABiMS) pour le site de Roscoff, et une expertise en analyse de données dans les laboratoires pour les sites de Villefranche/Mer et Banyuls. Formation et accompagnement des chercheurs dans leurs analyses bioinformatiques faisant appel aux services de calculs localisés à l'OOV et aux mesocentres (type Crimson-OCA (Nice).

Principaux équipements

Cluster de calcul de 650 coeurs
Serveur de calcul de type HPC avec 1 To de RAM
Environnement pour l’analyse en ligne : Galaxy
Environnement pour les bases de données
Espace de stockage sécurisé de 600 To

Labellisation

La plateforme ABiMS est labellisée IBISA.

Secteurs d’application

BIO-INFORMATIQUE | MODELISATION | BIO-STATISTIQUES |HPC | BIOLOGIE │BIO-MEDICAL | ECOLOGIE  

Accès aux services

Il existe 3 types d’accès aux services d’EMBRC France : 
l’accueil scientifique, l’accueil pédagogique, l’accès à distance.
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