Nous offrons la possibilité de tester plus de 500 conditions de cristallisations, grâce à l'utilisation d'un robot de dispense de nano-gouttes (Crystal Gryphon) avec un grand choix de kits de criblage commerciaux (principalement la série Nextal de Quiagen). Ces tests de cristallisation peuvent être réalisés en présence de ligands ou d'additifs (par exemple des détergents). La technique utilisée pour ces essais est la méthode de la goutte assise qui nécessite au minimum 0.5 microL de solution protéique par plaque de 96 conditions. Si ces premiers tests aboutissent à des (micro-)cristaux, des criblages autour des conditions de cristallogenèse pourront être effectués afin d'améliorer la qualité et la taille de des cristaux.
Cristallographie
La plate-forme de cristallographie est située sur le site de la Station Biologique de Roscoff. Elle se décompose en deux parties : Cristallogenèse et Diffraction/ Détermination des structures 3D/Affinement.
Expertise
La plate-forme suit et supervise la réalisation de projets nécessitant l’approche de la biocristallographie. Il s’agit en particulier :
- d'assurer et encadrer l’accès aux appareillages de mesures (le robot de cristallisation, le diffractomètre sur place et au synchrotron)
- d'évaluer la faisabilité (temps, coût..) des projets présentés
- d'assurer le suivi des projets
Principaux équipements
> Unité de production et de détection des rayons X: Anode tournante NONIUS/BRUKER.
Diffractomètre à microfoyer équipe d'un goniomêtre quatre-cercles et d'un detecteur bi-dimensionnel CCD.
Installation de cryogénie pour collecte des données de diffraction à basse température et conservation de cristaux congelés.
> Robot de cristallogenèse
Robots de cristallisation de dispense de nano-gouttes ( modèle Honeybee, Protein Solutions).
Équipements de cristallogenèse : chambres de cristallisation à 18°C et 4°C.
> Parc informatique
1 cluster de calcul 6 processeurs sous Linux; environnement interconnecté de 6 PC (dont 5 sous linux) servant à la visualisation et à la manipulation de modèles et au traitement des données. Support logiciel associé comprenant des chaînes de programmes de biologie structurale et biocristallographie (construction interactive de modèles, graphisme et modélisation moléculaires, dynamique moléculaire, analyse des relations structure/fonction).
Accès aux services
Il existe 3 types d’accès aux services d’EMBRC France :
l’accueil scientifique, l’accueil pédagogique, l’accès à distance.
Merci de remplir votre panier en sélectionnant le type d'accès qui correspond à votre demande. Sur les prestations ci-dessous seuls les types d'accès proposés pour la prestation sont indiqués et peuvent être ajoutés à votre panier.
En savoir plus sur les spécificités des 3 types d'accès.
Prestations
Cristallographie
Prestation :
Diffraction, détermination des structures 3D et affinement
Services :
Sites :
Si les essais de cristallogenèse aboutissent à l'obtention de cristaux ayant un pouvoir diffractant d'au moins 3 Angstrœm au synchrotron (ESRF à Grenoble), la détermination de la structure sera entamée. Dans le cas ou l'analyse bio-informatique révèlerait des homologues structuraux de la protéine cristallisée, la résolution de la structure sera effectuée par remplacement moléculaire. Dans le cas contraire, des dérivés d'atomes lourds pourront être préparés (séléno-méthionine, séléno-cystéine, ...), afin d'utiliser les différentes méthodes de remplacement isomorphes .
- cristallogenèse des macromolécules biologiques,
- collecte de données de diffraction sur site et auprès de sources synchrotron,
- détermination et affinement des structures 3D,
- modélisation moléculaire : protéines homologues, interactions protéine-protéine (etc.),
- outils informatiques pour l’analyse des relations structure/fonction,
- développement d’applications potentielles.